La nueva infraestructura levantada en el dique de Levante se planteó en el primer Plan Estratégico de la Autoridad Portuaria de la Bahía de Cádiz, puesto en marcha a principios del año 2000. En él se apostó por la especialización de las dársenas de la Bahía y por la reordenación de los tráficos, tal y como lo conocemos hoy.
Así, el tráfico de mercancías se ha alejado de la ciudad, se ha despejado el frontal de Canalejas y se utilizan uno o dos muelles para el tráfico de cruceros, según las necesidades (fundamentalmente los de Alfonso XII y Reina Sofía y de forma subsidiaria el Muelle Ciudad). El de Marqués de Comillas, próximo a la lonja de pescado, queda para el transporte público en catamarán y otros fletes turísticos de menor tamaño.
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